Krieger, genannt "Saints", kämpfen seit dem Anbeginn der Zeit gegen dunkle Kräfte, die die Welt bedrohen. Lange nach dem "Heiligen Krieg" hat das junge Mädchen Saori Kido mit ihren seltsamen Kräften zu kämpfen, deren Herkunft sie nicht versteht. Als sie plötzlich von einem Assassinen angegriffen wird, kommt Rettung in Gestalt von Saint Seiya (Kaito Ishikawa). Der nimmt sie mit in das "Sanctuary", wo Saori lernt, mit ihren Kräften umzugehen.