Als eine Großstadt von einer großen Gefahr bedroht wird, liegt es an Ash, Pikachu und ihren Freunden, das Unheil abzuwenden. Ein riesiges Pokémon-Habitat inmitten des geschäftigen Treibens einer Metropole sollte sich eigentlich als perfektes neues Heim für eine Gruppe Genesect eignen, aber die Ankunft dieser fünf Mysteriösen Pokémon entwickelt sich schnell zu einem Problem. Zum einen bedroht ihr Nest das Umspannwerk der Stadt und zum anderen greifen sie jeden an, der sich ihrem Nest auch nur ansatzweise nähert.