Wir schreiben das Jahr 2034 und der Terrorismus hat sich mittlerweile auf das virtuelle Netz ausgebreitet. Um dieser neuen Gefahr Einhalt zu gebieten, wurde eine Anti-Terror-Elite-Gruppe gegründet: Die geheime Ermittlungseinheit Sektion 9. Es sind bereits zwei Jahre vergangen, seitdem die Chefin der Einheit, Major Motoko Kusanagi, von ihrem Posten zurücktrat. Nachdem mehrere Spezialagenten aus unerklärlicher Weise Selbstmord begehen, muss Sektion 9 handeln. Sie vermuten, dass "Der Puppenspieler", ein gefährlicher Hacker, etwas mit den Suiziden zu tun hat. In den Ermittlungen gegen die neue aufbegehrende terroristische Gefahr stößt die Einheit auf ihre ehemalige Anführerin Kusanagi. Was hat sie mit diesem Fall zu tun? Welche Verbindung hat sie zu dem Puppenspieler?