The Rain sæson 3 fortsætter, hvor sæson 2 slap. Flere år efter, at regnen har nedbragt den Skandinaviske befolkning kraftigt, bliver det tydeligt for Simone og Rasmus, at de er uenige om, hvordan menneskeden skal reddes. Rasmus vil inficere alle med selvsamme beta-version af virusset, der gjorde ham til et overmenneske – mens Simone insisterer på, at der må findes en kur. Vil det mon lykkes dem at lægge deres forskelligheder på hylden for at gøre det rigtige?