Kyle XY er en fabelagtig lille serie, der elegant kombinerer ungdomsserie med science fiction serie. Sideløbende med, at vi følger Kyles forsøg på at få styr på, hvad det egentlig vil sige at være teenager, bliver mysteriet om hans fortid langsomt afdækket. Oven i købet dukker Nicholas Lea op (Krycek fra X-Files) efter et par afsnit, og så bliver det for alvor spooky!