Jennifer Garner spiller Sidney Bristow. Hun går på college, har en sød kæreste og en far, hun ikke snakker med. Hun er, med andre ord, helt normal... nå ja, og så er hun hemmelig agent! Hun arbejder for den tophemmelige organisation SD-6, en underafdeling af CIA. Det tror Sidney i hvert fald, men da hun en dag kommer til at fortælle sin kæreste, at hun arbejder som agent, bliver han brutalt myrdet af SD-6’s agenter. Da Sidney undersøger sagen nærmere, finder hun ud af, at SD-6 slet ikke har noget med CIA at gøre! Hun har arbejdet for den fjende, hun troede hun bekæmpede! Fast besluttet på at få hævn banker hun på døren til CIA med et tilbud, de ikke kan afslå: Hun vil hjælpe dem med at få SD-6 ned med nakken ved at arbejde inde fra organisationen. Men arbejdet som dobbeltagent er ikke helt ufarligt, og SD-6's kolde chef, Sloane, er ikke sådan at løbe om hjørner med. Men Sidney er ikke alene. Det viser sig, at hendes far også er dobbeltagent for SD-6, og hendes CIA-kontakt viser sig også at være en rigtig flink fyr!