Helten blev tilbage i Atlantis med sin nye kærlighed, Prinsesse Kida, mens resten af ekspeditionen vendte tilbage til Jordens overflade. Imidlertid visser det sig ikke at holde bare at "glemme" Atlantis. Et forfærdeligt havuhyre dukker op og synes at være forbundet med Atlantis, så venner må have fat i Milo og Kida igen. Snart sker der også mystiske ting ude i ørkenen, og til sidst forsvinder et spyd fra Whitmores samling. Alt sammen pager hen mod en truende katastrofe, som denne gang ikke blot vil ramme Atlantis, men hele Jorden.