Thomas og de andre overlevende fra labyrinten vågner til en ny og helt anderledes hverdag. Gruppen befinder sig nu i en aflukket bygning, hvor de tilbydes mad og nyt tøj. Samtidig viser det sig, at der bor andre unge, som også har overlevet tilsvarende labyrinter, og som nu ser frem til en bedre fremtid. Men det går hurtigt op for Thomas, at der er noget helt galt, og at deres nye værter har skumle bagtanker. Derfor igangsætter gruppen en flugt, der uheldigvis fører til endnu flere udfordringer i det golde, farefulde område kaldet Infernoet.