Terroristen Anthony Moran har anbragt et atomsprænghoved midt i hovedstaden. I sin krop har han skjult en mikroskopisk detonator, der vil udløse bomben, hvis han dør. Da anti terror styrker alligevel kommer til at skyde Moran, må han hasteindlægges på et laboratorium, hvor man længe har forsket i at skrumpe ting. Et hold videnskabsmænd opløses til molekyler og bliver sprøjtet ind i terroristens krop. En fantastisk rejse for at finde detonatoren og redde byen er begyndt...