Baseret på W. Somerset Maughams roman er Secret Agent den anden i en triologi af Alfred Hitchcocks spionfilm (The 39 Steps og Sabotage). Handlingen foregår under Første Verdenskrig, hvor forfatteren Edgar Brodie (John Gielgud) opdager, at en hemmelig statslig enhed har iscenesat hans død. Han får herefter ordre på at tage til Schweiz for at dræbe en tysk agent. Han skal rejse under dæknavnet Richard Ashenden, og med sig har han den hemmelige agent Elsa Carrington (Madeleine Carroll). Sammen udgiver de sig for at være et ægtepar. De hemmelige agenter skal sammen med den professionelle snigmorder The General finde den tyske agent. Men det bliver ikke let.