I de hemmelige filer, står Kim og hendes bedste ven Ron Stoppable, atter en gang ansigt til ansigt med deres frygtede ærkefjende, geniet Dr. Drakken, samt nogle af hans mindst lige så frygtede robotter! Det er ikke så mærkeligt, at Dr. Drakken godt kan lide den gale DNAmy, der skaber ulækre hybridmonstre! Tilsammen er Dr. Drakken og DNAmy en livsfarlig kombination - hvilket viser sig, når de går sammen om at overtage verdensherredømmet. Nu skal Kim Possible og Ron Stoppable finde alle deres hemmelige tricks frem, for at stoppe den ondskabsfulde duo, inden det er for sent!