Kaptajn Cyrus Harding (Michael Craig) anfører tre nordstatssoldater i en modig og desperat flugt fra et sydstatsfængsel i en luftballon. En voldsom storm blæser luftballonen ud over havet mod en fjern sydhavsø, hvor den lille gruppe driver i land. Senere får de selskab af to kvinder fra et synkende skib, og sammen oplever de skibbrudne et utroligt eventyr med hære af enorme dyr. De får hjælp i deres kamp for at overleve af den mystiske Kaptajn Nemo, der residerer i undervandsbåden Nautilus, hvor han i et forsøg på at skaffe flere fødevarer til verden, har skabt de mærkeligste dyr. Men da den store vulkan bryder ud og truer med at udslette dem alle, kan selv Nemo så redde dem?