I 1999 blev atomkraftværket Janjira på mystisk vis destrueret sammen med størstedelen af menneskerne, der arbejdede der, inklusiv supervisoren Joe Brodys kone, Sandra. År senere må Joe's søn, US Navy-officeren Ford, tage til Japan for at hjælpe sin fremmedgjorte far, som stadig leder desperat efter sandheden bag ulykken. Far og søn finder sammen svaret på atomkraftværket, og snart bliver rædslen vakt til live igen. Hele menneskeheden er truet, men måske er Godzilla den eneste, der kan redde os alle sammen?