Familien Newton bor i deres bekvemme hjem, men der mangler noget. Dette hul bliver udfyldt af en lille hvalp, som træder ind i deres hjem og deres liv. Beethoven, som han hedder, vokser snart op og bliver enorm! Men dr. Herman Varnick, den lokale dyrlæge, har en hemmelig og frygtelig bibeskæftigelse, som kræver masser af hunde til dyreeksperimenter, og Beethoven står på hans liste.