Действието на филма се развива непосредствено след събитията в „Invasion” и следва генерал Джони Рико, който се оказва релокализиран в изолирана база на Марс. Федерацията планира нападение над родната планета на буболечките и Марс се оказва важна цел в ответния удар. Докато флотът е далеч, върху Рико и неговите подчинени, включително Изабел „Дизи” Флорес, пада тежката задача да отблъснат атаката.