Когато битка между Лилавите Дракони и това, което прилича на Костенурките Нинджа, е заснета на лента, Костенурките бързат да опровергаят обвиненията на Учителя Splinter в невнимателност. Влизайки в щаба на Лилавите Дракони, за да стигнат до дъното на тази мистерия, нашите костенурки откриват, че техните "имитатори" са всъщност техни версии от друго измерение. Шантавите костенурки от другото измерение от 1987 година влизат в конфликт с по-сериозно мислещите костенурки от 2003 г., но скоро откриват, че са телепортирани в това измерение в следствие на инцидент в портал между измеренията. Оказва се, че порталът е довел и отдавнашните врагове на костенурките - Shredder и Krang, заедно с тяхната бойна крепост Технодромът.