Sau khi nhận ra giá trị của cuộc sống và tầm quan trọng của đồng đội, Makoto cuối cùng đã lấy lại nụ cười của mình. Khi mùa xuân chuyển sang mùa hè, Cậu thấy mình học hỏi nhiều hơn về những đồng đội và tiến gần hơn đến họ. Cậu thậm chí còn gặp những người bạn mới, bao gồm Aegis, một người chống lại Shadow Android, Ken, một học sinh lớp mẫu giáo tìm cách trả thù cho người mẹ quá cố của mình, và Koromaru, một con chó có thể sử dụng Persona. Makoto mong muốn mọi thứ sẽ tiếp tục như những gì cậu đang có. Tuy nhiên, từng chút một, những mảnh ghép và những người trong cuộc sống mới, hạnh phúc của Makoto bắt đầu tan rã, và cậu ta bị buộc phải chịu đựng sự mất mát đi kèm với nó.