Поки залишки армії Зіона б’ються з безжалісними машинами, агент Сміт виходить з-під контролю своїх колишніх господарів і завойовує світ Матриці. Нео вирушає до міста машин, зустрічається з «комп’ютерним богом» і укладає з ним угоду. Долі людей та їх механічних противників залежать від результату двобою Нео зі Смітом...