Після шаленого Хелоуїну, Скубі-Ду, Шеггі та їх друзі відправляються до Японії. Там, у Токійському музеї давньої історії, куратор пан Такагава та двірник Кендзі свідчать про воскресіння злого чорного самурая, стародавнього японського воїна, чия зброя була найпопулярнішою експозицією музею. Чорний самурай був стародавнім воїном, який попросив великого майстра Масамуні виготовити потужний меч. Виробник меча погодився, але сказав Самураю, що на це в нього піде рік. Злий учень Масамуні Мурамаса запропонував зробити ще один меч для самураїв лише в половину часу. Але зла натура учня перейшла в меч, і коли самурай взяв його, зло було передано і йому. Він став чорним самураєм, що володів Мечем кінця світу. Звісно ж, спиняти зло доведеться Скубі-Ду та його друзям…