V záverečnej časti trilógie vedie armáda Zionov, podporovaná odvážnymi civilnými dobrovoľníkmi, neúprosný boj, aby odvrátila inváziu Sentinelu. Zostávajúce ľudské pokolenie bojuje nielen o holé životy, ale o budúcnosť ľudstva samotného. Neznámy prvok otrávi mužstvo a ničivého plánu Smitha sa okamžite zmocní Bane, člen konvoja. Každým ďalším okamihom sila rastie. Smith je za hranicou kontroly robotov a teraz hrozí zničenie ich ríše, reálneho sveta Matrixu.