Scooby-Doo a jeho partia narazia na starých známych darebákov, ktorí sú trochu nad ich sily, a tak im na pomoc priplachtí sám Temný rytier v maske s plášťom – Batman! Keď ho potom začne trápiť jeden nevyriešený prípad z minulosti a tajomný zločinec v červenom plášti sa chystá ovládnuť mesto Gotham, obráti sa Batman na oplátku na Záhady s.r.o., aby mu pomohli prípad vyriešiť. Bude ich nasadenie stačiť k rozlúšteniu záhady a zmareniu plánov tých najhorších ničomníkov, akých kedy svet poznal?