Nadat zijn familie wreed wordt afgeslacht door de steenkoude huurling Sub-Zero, wordt Hanzo Hasashi verbannen naar de Netherrealm. Daar krijgt hij, in ruil voor zijn dienstbaarheid aan de sinistere Quan Chi, de kans om zijn gezin te wreken - en wordt hij herboren als Scorpion, een verloren ziel die op wraak uit is. Terug op Earthrealm verzamelt Lord Raiden een team van elite-krijgers - Shaolin-monnik Liu Kang, Special Forces-officier Sonya Blade en actiester Johnny Cage - een onwaarschijnlijke groep helden met één kans om de mensheid te redden. Om dit te doen, moeten ze Shang Tsung's horde Outworld-gladiatoren verslaan en regeren over het Mortal Kombat-toernooi.