Vóór hun uiteindelijke samenwerking met Scooby en de bende zijn de slimme en optimistische Daphne en de slimme en analytische Velma allebei mysterieoplossende tieners die beste vrienden zijn, maar elkaar tot nu toe alleen online hebben ontmoet. Daphne is zojuist overgeplaatst naar Velma's school, Ridge Valley High, een ongelooflijk technisch onderlegd instituut met de nieuwste gadgets van de weldoener van de school, technologiemiljardair Tobias Bloom. En terwijl de concurrentie onder de studenten hevig is voor een felbegeerde stage bij Bloom Innovative, graven Daphne en Velma verder dan alle gadgets en technologie om te onderzoeken wat de oorzaak is van het verdwijnen van enkele van de slimste studenten op school - om vervolgens weer op te duiken in een zombie-achtige wereld.