De tweede speciaal bewerkte herdenkingsaflevering met het verhaal van Jean. Dit is een adembenemende actie-animatie op zeeavontuur. Het verhaal draait om een ​​reeks cruciale veldslagen van de onverwoestbare onderzeeër Nautilus en het conflict tussen kapitein Nemo en de Gargoyle. Het is een kortere, meer gestroomlijnde versie van Nadia genaamd ‘The Nautilus Story’, die de vulboog vrijwel elimineert en zich concentreert op de strijd tussen Nemo en Gargoyle. Sommige scènes in de meer cruciale afleveringen worden ook verwijderd. De compilatieserie is gemaakt door Hideaki Anno, die naar verluidt ontevreden was over het eindresultaat van het tv-programma. The Nautilus Story werd alleen in Japan uitgebracht op VHS en laserdisc.