츠츠지다이에 사는 고등학교 1학년 히비키 유타는, 어느 날 눈을 뜨고 자신이 기억상실에 걸렸음을 깨닫는다. 뭔가 어긋난 듯한 기분 속에서 유타는 낡은 PC에 비치는 하이퍼 에이전트, '그리드맨'과 만난다. 사명을 다하라는 그리드맨의 말을 들은 유타는 갑작스런 일에 당황하면서도, 그 말의 의미를 고민하며 같은 반 친구인 우츠미 쇼, 타카라다 릿카, 신죠 아카네의 도움을 받아 하루하루를 보낸다. 하지만 그 평온한 날들은, 갑자기 나타난 괴수에 의해 너무나도 간단히 짓밟혔다.