Tenjou Utena, ein Mädchen voller Ideale und mit hohen Zielen, kommt neu an die Ohtori Akademie, wo sie dank ihrer Kleidung zuerst für einen Jungen gehalten wird. Unverhofft trifft sie dort ihre alte Liebe Kiryuu Toga, der sagt, durch ein Rosensiegel ebenfalls dorthin geführt worden zu sein. Wortwörtlich durch die Blume gelangt auch Utena an so ein Siegel in Form eines Ringes und schon dreht sich die Spirale weiter, in der sie Himemiya Anthy trifft, die Rosenbraut. Wer sie besitzt, erlangt die Macht die Welt zu revolutionieren und um sie zu bekommen, muss man sich in einem Schwertduell messen. Ohne genau zu wissen warum, stürzt sich Utena in dieses gefährliche Spiel und bald wird klar, dass sie und Anthy ihre eigene Vergangenheit bewältigen müssen, um eine neue Zukunft für sich zu finden.