De kwaadaardige organisatie Shocker verandert de geschiedenis door in 1973 hun nieuwste creatie, Kamen Rider 3, te sturen om Kamen Riders 1 en 2 te verslaan. In het alternatieve heden is Shocker machtiger dan ooit, en de meeste Kamen Riders zitten nu gevangen of zitten in de gevangenis. gehersenspoeld om voor hen te werken. Een van die gehersenspoelde Riders is Shinnosuke Tomari die zich dankzij zijn partner Kiriko Shijima de waarheid herinnert en de krachten bundelt met de overgebleven Kamen Riders die nog steeds op vrije voeten zijn om stelling te nemen tegen Shocker en de geschiedenis weer op de goede weg te zetten.