I et tivoli er FBI agenten Sean Archer og hans søn ude at køre i karrusel. Et skud affyres, og en kugle tiltænkt Sean Archer rammer i stedet hans søn. Sean tager jagten op, besat af tanken om at få ram på morderen, den iskolde psykopat og bombemand Castor Troy. Under jagten kommer Castor Troy til skade og falder i koma kun få minutter efter han har afsløret, at han har monteret og gemt en biologisk bombe stor nok til at tilintetgøre hele San Francisco. Uret tikker, men ingen ved hvor... Efter ordre fra regeringen gennemgår Sean et nyt avanceret kirurgisk indgreb, hvor han skifter udseende - til morderens ansigt.